Ковидные войны: Скрытая угроза
Текст написан моим другом и коллегой Александром Тышковским. Речь идет об открытии самого близкого родственника к вирусу SARS-CoV-2 и как это открытие опровергает ряд популярных конспирологических теорий возникновения пандемии.
Прошло уже почти 2 года с начала эпидемии COVID-19, а споры о происхождении коронавируса SARS-CoV-2 все еще не утихают. И вот третьего дня группа ученых из института Луи Пастера приблизила нас к разгадке этой тайны. В своей работе они представили миру нового «дикого» родственника SARS-CoV-2 1. Это открытие по-настоящему интересно, ведь оно одновременно проливает свет на происхождение злополучного коронавируса, опровергает одну из популярных конспирологических теорий его создания, ну а главное – восстанавливает доброе имя несчастного панголина. Но обо всем по порядку.
Для того, чтобы найти родню SARS-CoV-2, ученым пришлось отправиться в джунгли Лаоса и поймать там 645 летучих мышей. Проанализировав их отходы жизнедеятельности, ученые обнаружили несколько коронавирусов. Среди них оказался и новоявленный ближайший родственник SARS-CoV-2 – вирус с небанальным именем BANAL-52. Вместе со своими сородичами (4 другими BANAL-ными вирусами) он скрывался в подковоносых летучих мышах на севере Лаоса, недалеко от печально известной провинции Юньнань. Именно в ее пещерах в 2013 году был найден другой близкий родственник виновника пандемии – коронавирус RaTG13. Но если геном RaTG13 совпадал с SARS-CoV-2 на 96.2%, то BANAL-52 – уже на 96.8% (Рис. 2). Другими словами, на каждые 100 букв генома, в среднем, всего 3 опечатки отличают этот вирус от Уханьского коронавируса, вызвавшего эпидемию.
Однако самое интересное, как всегда, в деталях. Основная загвоздка, связанная с вирусом RaTG13, заключалась в том, что несмотря на общее сходство, от SARS-CoV-2 его отличало строение ключевого фрагмента шиповидного белка – рецептор-связывающего домена (сокращенно RBD). Именно с помощью этого фрагмента вирус цепляется за рецептор ACE2 на поверхности наших клеток и проникает внутрь, заражая их и начиная экспансию по человеческому организму. Этот ключик от наших клеток у вируса RaTG13 как раз и отсутствовал (Рис. 3).
Похожий по аминокислотной последовательности фрагмент был найден в прошлом году у другого коронавируса, проживавшего в панголине. Эта находка закономерно породила несколько теорий научного и конспирологического толка. Во-первых, многие ученые заподозрили панголина в том, что именно он мог стать промежуточным хозяином, «перекинувшим» коронавирус из летучих мышей на человека. Ну а во-вторых, любители скандалов, интриг и расследований предположили, что ученые в Уханьской лаборатории сами вставили ключик из вируса панголина в геном вируса, похожего на RaTG13, и тем самым создали SARS-CoV-2. Этой гипотезе противоречило большое нуклеотидное различие между описанными вирусами животных и человеческим коронавирусом, на накопление которого, по эволюционным оценкам, потребовалось бы больше 10 лет непрерывного культивирования вирусов в животных или клетках 2, 3. Этих десятилетий у учёных никак не могло быть, ведь вирус RaTG13 был открыт за 6 лет до начала эпидемии, а вирус панголина и вовсе - менее, чем за год. Тем не менее, прямых доказательств против этого лабораторного сценария все ещё не было.
И вот они появились. Оказалось, что обнаруженный в летучих мышах Лаоса вирус BANAL-52 не только похож на виновника пандемии в целом, но и несёт тот же самый заветный ключик – RBD (Рис. 3). Причём, и на аминокислотном (97.4%), и на нуклеотидном (93.6%) уровне он совпадает с RBD человеческого коронавируса даже сильнее, чем вирус панголина (96.9% и 86.6% соответственно).
Но и это ещё не все. Оказалось, что шиповидный белок новых вирусов позволял им заражать человеческие клетки. Да, по результатам эксперимента псевдовирусы, вооруженные шипиком BANAL-ных вирусов, прекрасно связывались с человеческим рецептором ACE2 и проникали через него в наши клетки. Заразить клетки удалось и без псевдовирусов: для этого сгодился даже ректальный мазок животных, из которых были выделены коронавирусы. Выходит, прямо сейчас в летучих мышах Лаоса циркулируют вирусы, способные заразить клетки человека. Правда, если вы привились или переболели ковидом, конкретно эти коронавирусы вам, по-видимому, не страшны. Эксперимент показал, что плазма людей, переболевших ковидом, нейтрализует их с таким же успехом, с которым она нейтрализует и сам SARS-CoV-2. Тем не менее, тот факт, что где-то в джунглях летучие мыши переносят вирусы, потенциально способные вызвать пандемию, большого оптимизма не внушает.
Подытожим. Из исследования учёных следует сразу несколько выводов.
1. Открытие вируса BANAL-52 опровергает гипотезу о том, что SARS-CoV-2 был сконструирован в лаборатории из вируса, близкого к RaTG13, и вируса, близкого к коронавирусу панголина. Ведь если бы это было так, то SARS-CoV-2 больше походил бы на них, чем на новоявленного родственника из Лаоса, а мы наблюдаем обратное.
2. Теперь не осталось ни одного фрагмента, по которому SARS-CoV-2 был бы похож на вирус панголина сильнее, чем на вирусы летучих мышей. А значит больше нет оснований полагать, что панголин был промежуточным хозяином в ходе эволюции человеческого коронавируса. Более того, поскольку у коронавирусов летучих мышей был обнаружен практически идентичный RBD, позволяющий им заражать человеческие клетки, промежуточного хозяина у SARS-CoV-2 могло и не быть вовсе. Эта работа показала, что вирусы летучих мышей и сами по себе могут быть отлично приспособлены к заражению людей, без помощи панголинов и норок.
3. На сегодняшний день похожие последовательности всех основных фрагментов коронавируса SARS-CoV-2 были найдены у вирусов летучих мышей (Рис. 3). Это хорошо подтверждает теорию природного происхождения коронавируса и позволяет нам проследить его эволюцию. Единственный пока недостающий кусочек пазла - знаменитый фуриновый сайт, улучшающий проникновение коронавируса SARS-CoV-2 в наши клетки. Фуриновые сайты много раз возникали у коронавирусов в природе 4, но у близких родственников виновника пандемии их пока обнаружить не удалось, в том числе и у BANAL-ных вирусов из Лаоса. Правда, стоит отметить, что у коронавирусов лабораторного происхождения такого сайта, как у SARS-CoV-2, тоже ни разу не наблюдалось, поэтому этот факт не является аргументом в пользу лабораторной оптимизации SARS-CoV-2. В любом случае, ждем новых научных работ, которые заполнят и этот кусочек, и пазл соберется полностью.
Итак, с каждым новым научным открытием мы все ближе подбираемся к разгадке происхождения коронавируса SARS-CoV-2. И пусть в этой истории пока ещё есть одно белое пятно (фуриновый сайт), сценариев, в которых ученые могли бы приложить руку к созданию вируса, остаётся все меньше. И это не может не радовать.
P.S. Геномы новых вирусов опубликованы в открытом доступе 5, благодаря чему у каждого есть возможность самостоятельно перепроверить расчеты, что я тоже с интересом проделал.
В комментариях дам ссылку на оригинальный пост.
